Chemie je na naší škole vyučována první tři roky na čtyřletém gymnáziu, prvních pět let na gymnáziu šestiletém a od sekundy do septimy na osmiletém gymnáziu. Studenti získávají v průběhu studia základní informace z chemických oborů, jako je např. obecná a fyzikální chemie, anorganická a organická chemie, chemie přírodních látek, biochemie a analytická chemie (vše v kontextu environmentální výchovy).
Výuka chemie je doplňována pravidelnými nebo svolávanými laboratorními pracemi, exkurzemi na odborná pracoviště Akademie věd, PřF UK a VŠCHT, výstavami a expozicemi, besedami s odborníky a nejrůznějšími projekty především s environmentální tematikou (Projekt Kyselé deště, Přízemní ozón, Enersol) a v posledních šesti letech i pravidelnými projektovými dny.
Chemii vyučuje na škole šest učitelů, čtyři z nich pracují také ve funkci fakultních učitelů pro PřF UK. Našemu gymnáziu je opět přidělen statut fakultní školy PřF UK.
Chemie se vyučuje v odborné učebně vybavené dataprojektorem, počítačem, videem a interaktivní tabulí. Jsou využívány nejrůznější výukové programy a další materiály. Laboratorní práce probíhají v chemické laboratoři (s kapacitou 16 studentů), moderně zařízené a vylepšené přípravnou pokusů i pracovními stoly.
Na maturitu z chemie a přijímací zkoušky na různé typy vysokých škol jsou studenti připravováni na jednoletých seminářích - z různých oborů chemie. V rámci seminářů pracují studenti na různých projektech, spolupracují s odbornými pracovišti a prezentují své seminární práce.
V sekundě až kvartě osmiletého gymnázia a prvních dvou ročnících šestiletého gymnázia pracujeme podle učebnic Základy chemie I a II (nakladatelství Fortuna). Vyšší ročníky víceletého gymnázia a všechny čtyři ročníky čtyřletého gymnázia se učí podle Chemie pro čtyřletá gymnázia (nakladatelství Olomouc).
Každým rokem organizuje předmětová komise Chemickou olympiádu ve všech soutěžních kategoriích. Zájem studentů je každým rokem větší, výrazných úspěchů dosahují především studenti nižších ročníků osmiletého gymnázia. Na naší škole se také pravidelně pořádají všechna obvodní kola Chemické olympiády. Několik studentů se zapojilo do korespondenční soutěže PřF UK "KSICHT". V oboru chemie obhajují někteří studenti své práce v soutěž SOČ, v posledních letech velmi úspěšně.
RNDr. Štěpánka Selingerová, předsedkyně předmětové komise